Bei der sogenannten Tonnagesteuer handelt sich nicht um eine eigenständige Steuer, sondern um eine besondere Form der Gewinnermittlung. 

Schiffsfondsgesellschaften erzielen Einkünfte aus Gewerbebetrieb, wenn die Gesellschaft nachhaltig und selbstständig am wirtschaftlichen Verkehr teilnimmt und das Kostenrisiko aus dem Schiffsbetrieb trägt. Die Gesellschaft kann den steuerlichen Gewinn pauschal nach der Nettoraumzahl des Schiffes ermitteln (pauschalierte Gewinnermittlung nach § 5a EStG, sogenannte Tonnagesteuer), vorausgesetzt, dass sie einen entsprechenden Antrag stellt, das Schiff im internationalen Verkehr betrieben wird, die Bereederung des Schiffes im Inland erfolgt, die Geschäftsleitung der Fondsgesellschaft ihren Sitz im Inland hat und das Schiff in einem deutschen Register eingetragen ist. An diesen Antrag ist die Gesellschaft 10 Jahre lang gebunden.

Die Anwendung der Tonnagesteuer führt zu geringen, pauschal ermittelten Gewinnen der Gesellschaft unabhängig von der realen Gewinn- oder Verlustsituation. Für die Kommanditisten führt die Tonnagebesteuerung zu einem geringen steuerpflichtigen Gewinn aus der Beteiligung in Höhe von etwa 0,1 bis 0,4% pro Jahr bezogen auf das gezeichnete Kommanditkapital (abhängig von der Nettoraumzahl des Schiffes und der Höhe des Gesellschaftskapitals). Auf diesen Gewinn ist dann der individuelle Steuersatz zu entrichten.

Zu beachten ist, dass mit der Tonnagesteuer eventuell spätere Gewinne aus der Veräußerung des Schiffes bereits abgegolten sind.

Das steuerliche Ergebnis wird von der Gesellschaft ermittelt und rechnerisch auf die Anleger verteilt. Steuerpflichtig für Gewinneinkünfte sind die Gesellschafter im Rahmen ihrer Einkommensteuer, nicht das Unternehmen (steuerliche Transparenz der KG). Das steuerliche Ergebnis ist völlig unabhängig von der tatsächlichen Ausschüttungshöhe.